Dernières informations sur le coronavirus

Souches de coronavirus émergentes et patientèle vétérinaire

Mise à jour du diagnostic • Avril 2020

Un nouveau coronavirus provoque une épidémie de troubles respiratoires chez l’humain, et certains se posent la question de l'impact de ce nouveau virus, le cas échéant, pour nos amis à quatre pattes. Ce guide offre quelques informations dans le but de répondre aux questions les plus fréquentes quant au coronavirus. On comprend de mieux en mieux les coronavirus et leur mode de transmission. Pour obtenir les informations les plus récentes, nous vous conseillons de consulter les sources de références indiquées à la fin de ce document.

Le premier cas de maladie liée au coronavirus 2019 (COVID-19) a été identifié en Chine, à Wuhan, où l’épidémie a commencé. Elle est provoquée par un nouveau coronavirus appelé SARS-CoV-2. On pense que ce dernier provient à l’origine de la chauve-souris. Depuis son émergence, fin 2019, le COVID-19 s’est étendu à plusieurs régions du monde.^1–3

Le virus SARS-CoV-2, responsable du COVID-19, est un coronavirus unique qui infecte les voies respiratoires humaines. Il est différent des précédents coronavirus connus pour affecter les humains ou les animaux. Les coronavirus sont une grande famille de virus constituée de plusieurs sous-groupes que l’on retrouve communément chez les humains ainsi que chez d’autres mammifères, chez les oiseaux et les reptiles.

Les coronavirus alpha et bêta (y compris ceux responsables des simples rhumes chez les humains) affectent généralement les mammifères, tandis que les coronavirus gamma et delta affectent plutôt les oiseaux et les poissons. Un grand nombre de coronavirus communs responsables de maladies chez les animaux domestiques, comme le coronavirus entérique félin, sont des alphacoronavirus. Le SARS-CoV-2, responsable des récentes épidémies de troubles respiratoires de COVID-19 chez l’humain, est un coronavirus de type bêta.

Transmission du COVID-19 et animaux domestiques

Les principales autorités sanitaires s’accordent à dire que le COVID-19 est avant tout une maladie affectant les humains, qui se transmet entre individus à partir de gouttelettes exhalées.^1-4 Une transmission secondaire est également possible en cas de contact avec une surface sur laquelle le virus est présent, notamment lorsque celle-ci est lisse, comme le plastique ou le métal.^5,6 Il semblerait que les surfaces poreuses comme les vêtements et le pelage soient des vecteurs passifs peu propices à la transmission

Les études récentes réalisées ont démontré que les chats et les furets sont susceptibles d’être infectés en milieu expérimental et de transmettre le virus aux autres animaux, tandis que l’on a pu identifier une résistance générale à ce dernier chez le chien. Ceci s’explique probablement par les différences de récepteurs à l’ACE 2 entre ces espèces.^7-9 Dans quelques cas isolés, on a pu identifier une zoonose inverse (lorsqu’un humain infecté contamine un animal domestique) chez les chats, les furets et les chiens.^10,11 L’infection chez le chat et le furet est souvent subclinique, mais peut être présente et s’accompagner de signes cliniques respiratoires légers, de fièvre et, dans certains cas, de troubles gastro-intestinaux. Chez ces espèces hôtes non primaires, l’infection semble plus courte dans le temps que chez l’humain. Contrairement aux chiens et aux chats, les visons ont été identifiés comme une espèce susceptible d'être infectée par le SARS-CoV-2 (par exemple, par des humains infectés dans des situations de forte densité de population telles que les élevages de visons), et pourraient potentiellement constituer un réservoir d'infection et de mutation virale.¹² Bien que des infections zoonotiques inverses transitoires aient été sporadiquement rapportées chez des chiens vivant avec des humains infectés par le COVID-19, aucun signe clinique n'a été signalé chez ces chiens.^10-13 On ne pense pas que les animaux domestiques jouent un rôle dans la transmission du COVID-19 à l'homme.^1-4

La compréhension du mode de transmission du SARS-CoV-2 et du COVID-19 évolue rapidement. 

Conception d’un test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) 

IDEXX Reference Laboratories a développé et validé un test PCR en temps réel pour détecter le SARS-CoV-2 sur la base des séquences génétiques publiées du virus provenant de l’épidémie humaine.¹⁴ Le Test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) cible le même gène de nucléocapside que les tests des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC), mais a été adapté de sorte à pouvoir être utilisé sur les animaux. Celui-ci a été soigneusement conçu pour éviter toute réactivité croisée avec les autres coronavirus animaux. Des études de spécificité ont confirmé qu’il n’y a aucune réactivité croisée entre ce nouveau test par PCR et les autres coronavirus animaux qui affectent communément les animaux domestiques. De même, il a été démontré que les tests RealPCR disponibles actuellement pour ces coronavirus animaux n’étaient pas en mesure de détecter l’acide nucléique du SARS-CoV-2. 

Pendant la validation initiale de quatre semaines dont le nouveau Test RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) a fait l’objet, IDEXX a traité plus de 3500 échantillons canins, félins et équins envoyés pour bilan respiratoire RealPCR. Les échantillons ont été analysés au moyen de trois tests parallèles fournis par les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC). Un sous-ensemble d’échantillons de selles soumis pour bilans diarrhéiques RealPCR a également été analysé dans le cadre de l’étude sur la réactivité croisée. Ces échantillons provenaient des États-Unis et de Corée du Sud. Le dépistage a été étendu dès la mi-mars au Canada et à l’Europe, dans des zones où la population était fortement touchée par le COVID-19.

Instructions relatives au prélèvement d’échantillons pour le test du SARS-CoV-2

Nous vous recommandons de consulter un vétérinaire ou le laboratoire pour obtenir les dernières consignes de sécurité encadrant le prélèvement d’échantillons avant de procéder au test du SARS-CoV-2 sur un animal domestique. L’utilisation d’équipements de protection individuelle (EPI) comprenant gants, masque, blouse et protection oculaire est recommandée pour le prélèvement d’échantillons sur un animal suspecté d’avoir été infecté par le SARS-CoV-2.

Le tableau clinique et l’objet du test déterminent le type d’échantillon nécessaire. 

• Pour les symptômes/signes cliniques respiratoires : écouvillonnage du fond du pharynx (avec matière organique visible ; frotter vigoureusement) et conjonctival (bien nettoyer l’œil, frotter l’intérieur de la paupière). Si le patient est docile, vous pouvez également y ajouter un écouvillonnage de la partie caudale de la cavité nasale. Prière d’envoyer des prélèvements secs, réalisés avec un écouvillon en plastique, sans milieu de transport; à conserver au réfrigérateur avant envoi. 
• Pour les symptômes/signes cliniques gastro-intestinaux : 3 à 5 g (1 g minimum) de selles fraîches dans un récipient stérile et écouvillonnage du fond du pharynx (avec matière organique visible ; frotter vigoureusement) et conjonctival (bien nettoyer l’œil, frotter l’intérieur de la paupière). Mettre les deux écouvillons. Prière d’envoyer des prélèvements secs, réalisés avec un écouvillon en plastique, sans milieu de transport; à conserver au réfrigérateur avant envoi.
• Aucun signe clinique distinct (p. ex. enquêtes de santé publique) : 3 à 5 g (1 g minimum) de selles fraîches dans un récipient stérile et écouvillonnage du fond du pharynx (avec matière organique visible ; frotter vigoureusement), écouvillonnage conjonctival (bien nettoyer l’œil, frotter l’intérieur de la paupière) et écouvillonnage de la partie caudale de la cavité nasale dans le même tube.

Gestion des animaux domestiques positifs au SARS-CoV-2

Le COVID-19 est une maladie à déclaration obligatoire au niveau international. Si un cas positif au SARS-CoV-2 est identifié, l’équipe IDEXX RealPCR fournira les informations essentielles (en fonction des lois applicables) aux autorités sanitaires et/ou vétérinaires. En France, il n'y a pas de statut à déclaration obligatoire pour les carnivores domestiques à ce jour. Les Tests RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) positifs feront l’objet d’une communication à l'ANSES.

Les résultats positifs d’un test par PCR réalisé sur un animal vivant avec des personnes atteintes du COVID-19 peuvent s’expliquer par une zoonose inverse du propriétaire infecté (ou d’un autre humain infecté) vers l’animal ou d’une contamination environnementale. Il est crucial d’interpréter ces résultats en fonction de l’historique médical, des signes cliniques et du résultat des tests de dépistage des pathogènes vétérinaires communs. 

Il convient de traiter les symptômes des animaux infectés en fonction de leurs signes cliniques et de réaliser un suivi afin de détecter tout indice suggérant une complication secondaire (infection bactérienne p. ex.) Si les symptômes respiratoires sont relativement légers et qu’une hospitalisation n’est donc pas nécessaire, il est recommandé d’isoler l’animal à la maison avec son propriétaire. Si, dans le foyer, personne n’a été déclaré positif au COVID-19, il est recommandé de consulter une autorité sanitaire afin de déterminer la meilleure façon de réaliser un test sur les humains dudit foyer et de gérer l’animal infecté. Il convient également d’envisager un nouveau test RealPCR au bout d’une à deux semaines pour confirmer que l’animal n’est plus positif avant de déclarer le foyer sain ou de permettre à l’animal de fréquenter d’autres animaux sains (notamment d’autres chats ou furets). 

Prévention de l’infection par le COVID-19

Les recommandations pour prévenir la diffusion du COVID-19 consistent principalement à prévenir l’exposition. Il s’agit notamment de limiter les contacts physiques avec les personnes malades, limiter les voyages et éviter de se rendre à des rassemblements trop importants, se laver les mains régulièrement et se couvrir la bouche et le visage lorsque l’on tousse ou éternue.^{1, 2}

Il n’existe pour l’instant aucun traitement antiviral qui soit efficace contre le COVID-19. De même, aucun vaccin n’est encore disponible à la commercialisation pour prévenir l’infection des humains ou des animaux par le SARS-CoV-2.

Bien que les zoonoses inverses (de l’humain vers l’animal) donnant lieu à des maladies cliniques sont considérées comme rares, dès lors qu’une personne est diagnostiquée positive au COVID-19, l’AVMA, les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies et d’autres autorités sanitaires partout dans le monde recommandent de limiter le contact avec les animaux domestiques par mesure de précaution. Si possible, un autre membre de la famille ou un autre résident du foyer devrait s’occuper de l’animal au quotidien.