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Test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19)

Cette étude a été réalisée dans une démarche pro-active, afin de répondre à d’éventuelles questions quant à un possible portage animal, et surtout dans le but de pouvoir rassurer les propriétaires en se basant sur des données issues de « l’evidence-based medicine».

Validation analytique et études de spécificité croisée

Les laboratoires de référence IDEXX ont développé un nouveau test PCR en temps réel pour détecter la présence du SARS-CoV-2 (COVID-19) grâce à une séquence d’acides nucléiques caractéristique du virus qui provoque une pandémie chez les humains. Le Test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 a répondu à tous les critères de validation analytique aux États-Unis. Des études de spécificité ont montré qu’il n’y avait pas de réaction croisée entre le nouveau test PCR et les autres coronavirus qui affectent communément les animaux domestiques. De même, il a été démontré que les tests RealPCR disponibles actuellement pour ces coronavirus vétérinaires n’étaient pas capables de détecter le virus responsable du COVID-19. Les tests IDEXX RealPCR sont conçus et réalisés sur une plateforme PCR standard en temps réel située au laboratoire de diagnostic moléculaire (PCR) de West Sacramento en Californie. Plus de 4000 échantillons canins, félins et équins ont été analysés au moyen du nouveau test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19). Les échantillons des patients ont été soumis sur une période de quatre semaines à partir du 14 février 2020. Les spécimens utilisés pour le développement et la validation des tests ont été obtenus à partir de spécimens soumis aux laboratoires de référence IDEXX pour des bilans respiratoires PCR . Les spécimens provenaient des États-Unis et de la Corée du Sud, et comprenaient des prélèvements en provenance de zones géographiques telles que la région de Seattle, où l'on recense actuellement des cas humains de COVID-19. Les échantillons ont également été analysés au moyen de trois tests parallèles fournis par les Centres américains pour le contrôle et la prévention (CDC). À la mi-mars IDEXX avait étendu la surveillance au Canada et aux pays européens, y compris les régions présentant des taux élevés de COVID-19 dans la population humaine. À la mi-avril, plus de 5000 échantillons avaient été testés pour le virus du SARS-CoV-2. Tous les spécimens se sont révélés négatifs.

Conception du test et validation analytique

Le test IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) cible le même gène nucléocapside que les tests des Centres américains pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC). Cette cible a été déterminée grâce à l’analyse de séquence qui a démontré une excellente conservation et a été adaptée afin d’être conforme au point de fusion et aux exigences analytiques de notre plateforme standardisée. La validation du test a tout d’abord impliqué une analyse de séquence de type BLAST par rapport à plus de 300 séquences génétiques publiquement accessibles. Il a par la suite fallu recourir à un contrôle synthétique positif afin de valider la performance du test de manière fonctionnelle. Celui-ci a répondu aux critères de robustesse du rapport signal sur bruit pendant l’amplification, d’efficacité, de reproductibilité intra-test et inter-test, et de corrélation. En outre, IDEXX a intégré les trois tests des CDC à réaliser en parallèle des tests IDEXX à des fins de confirmation. Les trois tests de confirmations ont été pris aux CDC, initialement publiés le 24 janvier 2020.1,2

La spécificité croisée des quatre tests (SARS-COV-2) a été confirmée grâce à des cibles synthétiques positives au coronavirus vétérinaire et à des échantillons PCR positifs au coronavirus respiratoire canin, aux coronavirus entériques canin et félin, et au coronavirus entérique équin soumis dans le cadre de l’offre de diagnostic d’IDEXX. Les contrôles suivants ont été réalisés pendant la phase de validation PCR en temps réel et pendant le dépistage : 

  • Contrôle négatif d’extraction (NEC) : tous les contrôles négatifs d’extraction ont affiché un résultat négatif par PCR.
  • Contrôle de la qualité pré-analytique des échantillons au moyen d’un test PCR TaqMan® en temps réel pour un gène de contrôle endogène : tous les échantillons, qu’ils soient positifs ou négatifs, ont réussi le test de contrôle de la qualité.
  • Contrôle PCR négatif : tous les contrôles PCR négatifs ont affiché un résultat négatif.
  • Contrôle PCR positif : tous les contrôles PCR positifs (contrôle synthétique positif) ont affiché un résultat positif.
  • Contrôle de la contamination environnementale : tous les échantillons du laboratoire PCR en provenance des différentes zones géographiques ont été déclarés négatifs lors du contrôle de contamination.

Les échantillons PCR positifs au coronavirus respiratoire canin, aux coronavirus entériques canin et félin, et au coronavirus entérique équin qui ont été soumis dans le cadre de l’offre de diagnostic IDEXX ont été comparés à tous les tests SARS-CoV-2. Tous les tests des CDC et les tests IDEXX RealPCR SARS-CoV-2 (COVID-19) ont affiché un résultat négatif à cette population d’autres coronavirus.

Méthode de dépistage

Des échantillons ont été sélectionnés au hasard parmi ceux soumis grâce à l’offre de diagnostic par RealPCR d’IDEXX pour les troubles respiratoires canins, félins et équins, ainsi que pour les diarrhées félines, canines et équines. Les échantillons initialement utilisés pour le dépistage comprenaient des frottis (prélevés en majorité au fond du pharynx et au niveau de la conjonctive) et des selles. Sur plus de 4 000 échantillons analysés entre le 14 février et le 12 mars :

  • les prélèvements analysés provenaient des 50 états des États-Unis et de Corée du Sud.
  • 55 % des échantillons provenaient de canidés, 43 % de félins, 4 % de chevaux.
  • 77 % provenaient des voies respiratoires, 23 % des selles.

 

Références

  1. Centres pour le contrôle et la prévention des maladies, département des maladies virales. CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel Instructions for Use. CDC publication CDC-006-00019, Révision : 02. www.fda.gov/media/134922/download. Effectif le 15 mars 2020. Consulté le lundi 16 mars 2020.
  2.  Centres pour le contrôle et la prévention des maladies, département des maladies virales. Research Use Only Real-Time RT-PCR Protocol for Identification of 2019-nCoV. www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html. Mis à jour le 14 mars 2020 Consulté le lundi 16 mars 2020.

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