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Water SARS-CoV-2 RT-PCR Test

     

La surveillance des eaux usées pour le SARS-CoV-2 est utilisée dans le monde entier comme un outil épidémiologique important pendant la pandémie de COVID-19.1,2

Le Test Eau RT-PCR SARS-CoV-2 est une amplification en chaîne par la polymérase en temps réel après transcription inverse quantitative (RT-qPCR) qui détecte et quantifie l’ARN du virus SARS-CoV-2 dans les eaux usées non traitées. Ce kit est appuyé par de nombreuses données de validation et utilisé par des laboratoires du monde entier. Il peut servir à soutenir les services de santé publique, les chercheurs et les universités dans la protection de leurs communautés.3

En savoir plus

Aperçu

Validation

  • Protocole validé par le fabricant de tests leader du marché pour les eaux usées, notamment la méthode Colilert/Quanti-Tray
  • Flexibilité d’un protocole intégré pour une matrice hautement évolutive
  • Validation sur les instruments RT-qPCR courants3
  • Validé par les contrôles de qualité recommandés par le Système national de surveillance des eaux usées (National Wastewater Surveillance System, NWSS) des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention, CDC)
  • Données de validation provenant de plusieurs établissements de traitement des eaux usées situés dans des géographies différentes

Qualité constante

  • Cohérence démontrée et variation limitée de la méthode pour renforcer la confiance dans les données basée sur des tendances
  • Testé indépendamment par de multiples études interlaboratoires, notamment par la Water Research Foundation (WRF)

Disponibilité

  • Utilisé dans le monde entier par des laboratoires de santé publique et privés
  • La réputation d’excellence d’une chaîne d’approvisionnement : IDEXX Water présente un taux de disponibilité supérieur à 99,9 % pour les produits clés3 (superscript)
  • Personnel d’assistance technique expérimenté dans la mise en œuvre de la surveillance des eaux usées

Mode d’emploi

 

Concentration

 

Extraction de l’ARN

 

PCR en temps réel

Étape 1. Pasteuriser l’échantillon à 60°C pendant 1heure et demie. Cette étape est facultative.

Étape 2. Concentrer l’échantillon en utilisant une précipitation au PEG ou équivalent

Étape 3. Extraire l’ARN en utilisant le kit de billes magnétiques ADN/ARN pour l’eau.

Étape 4. Amplifier les acides nucléiques purifiés en utilisant le Water SARS-CoV-2 RT-PCR Test.

Fiches du produit et documents complémentaires

En savoir plus sur le Water SARS-CoV-2 RT-PCR Test

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Foire aux questions

Les eaux usées brutes n’ayant subi aucun traitement chimique.

Le test Eau RT-PCR SARS-CoV-2 est une amplification en chaîne par la polymérase après transcription inverse quantitative (RT-qPCR) qui détecte et quantifie l’ARN viral dans un échantillon d’eaux usées préparé de manière appropriée.

Lorsqu’il est utilisé avec le protocole de concentration de 105 ml, la plus faible concentration de SARS-CoV-2 dans les eaux usées détectable par le test Eau RT-PCR SARS-CoV-2 est de l’ordre de1 copie de gène/1 ml.

Lorsqu’il est utilisé avec la procédure IDEXX de bout en bout, le test IDEXX a été validé pour fournir une récupération hautement cohérente du SARS-CoV-2 dans les eaux usées.

Le protocole validé par IDEXX concentre le virus SARS-CoV-2 dans 105 mL d’eaux usées. Le personnel de laboratoire peut analyser des volumes d’eau plus ou moins importants en suivant la procédure de base tout en l’adaptant aux différents volumes avec une centrifugeuse appropriée.

Le Water SARS-CoV-2 RT-PCR Testanalyse 5 µL d’ARN extrait préparé à partir d’un échantillon concentré d’eaux usées : toutefois nous vous recommandons d’avoir un volume supplémentaire à disposition pour compenser la perte de volume liée au pipetage et pour assurer un double de l’échantillon.

IDEXX fournit un exemple de protocole de concentration basé sur la centrifugation et la précipitation au polyéthylène glycol (PEG) qui a été validé et qui fournit des résultats cohérents. Ce protocole peut être modifié pour répondre aux besoins spécifiques de votre laboratoire. D’autres méthodes de concentration peuvent également être utilisées, telles que l’ultrafiltration, la filtration par collecteur, etc. Nos clients ont utilisé avec succès ces méthodes de concentration avec les réactifs IDEXX. Elles doivent être validées pour en vérifier les performances.

Maintenir un échantillon à basse température permet d’en éviter la dégradation et d’assurer une précipitation efficace du virus SARS-CoV-2.

Le test Eau RT-PCR SARS-CoV-2 a été validé pour une utilisation avec le IDEXX Water DNA/RNA Magnetic Bead Kit afin d’effectuer l’extraction des acides nucléiques, notamment l’ARN du SARS-CoV-2, à partir d’un concentré d’eaux usées. D’autres kits d’extraction peuvent également être utilisés avec le test, et nos clients ont utilisé avec succès d’autres kits avec les réactifs RT-qPCR IDEXX.

Les eaux usées sont une matrice extrêmement complexe, et leur surveillance nécessite un matériel de contrôle complet. Veuillez consulter le rapport IDEXX intitulé Complete IDEXX Wastewater Surveillance Procedure pour obtenir une description complète de la procédure de bout en bout et des contrôles requis et recommandés.

Veuillez vous référer aux fiches des produits indiquant les conditions de stockage recommandées lors de la réception du produit et après la reconstitution/première utilisation.

Les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies aux États-Unis (U.S. CDC) indiquent que le niveau de biosécurité 2 (BSL-2) doit être respecté et que des précautions supplémentaires doivent être prises pour l’analyse d’échantillons prélevés dans l’environnement, y compris pour la manipulation et le traitement des échantillons d’eaux usées liés au SARS-CoV-2. Des directives spécifiques sont disponibles auprès de l’U.S. CDC : Interim Laboratory Biosafety Guidelines for Handling and Processing Specimens Associated with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19).4

Veuillez consulter vos autorités sanitaires locales pour connaître les réglementations spécifiques applicables.

Veuillez respecter les procédures recommandées par les autorités sanitaires locales réglementant la manipulation et le traitement d’échantillons d’eaux usées liés au SARS-CoV-2. Voici une source d’information publiée par l’U.S. CDC : Interim Laboratory Biosafety Guidelines for Handling and Processing Specimens Associated with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19).4

Veuillez respecter les directives de sécurité et les réglementations locales applicables. 

Si souhaité, un procédé facultatif de traitement thermique peut être utilisé pour inactiver les échantillons grâce à la pasteurisation. Veuillez vous référer à l’exemple fourni dans la fiche du produit. 

L’étape de pasteurisation peut réduire la détection de l’ARN du SARS-CoV-2. Veuillez contacter un représentant de compte IDEXX pour obtenir plus d’informations.

Les échantillons et le matériel doivent être éliminés selon vos normes et réglementations locales.

Le test Eau RT-PCR SARS-CoV-2 n’est pas approuvé par l’agence américaine de protection de l’environnement (EPA américaine) pour le test du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. À l’heure actuelle, l’EPA américaine ne réglemente pas le test du SARS-CoV-2 pour les eaux usées ni n’approuve de méthodes de test à cet effet. Le test du SARS-CoV-2 pour les eaux usées peut (ou non) être régulé par vos autorités locales et/ou municipales. Veuillez vérifier si une réglementation s’applique dans votre région.

Oui, le test Eau RT-PCR SARS-CoV-2 est compatible avec, ou inclut, tous les contrôles et processus recommandés par les CDC pour l’envoi des données au NWSS. Veuillez consulter le rapport IDEXX intitulé Complete IDEXX Wastewater Surveillance Procedure pour obtenir une description complète de la procédure de bout en bout et des contrôles recommandés et obligatoires.

En savoir plus sur le Water SARS-CoV-2 RT-PCR Test

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Références

  1. Wurtzer S, Marechal V, Mouchel J-M, et al. Evaluation of lockdown impact on SARS-CoV-2 dynamics through viral genome quantification in Paris wastewaters [preprint posted May 6, 2020]. medRxiv. doi:10.1101/2020.04.12.20062679
  2. Medema G, Heijnen L, Elsinga G, Italiaander R, Brouwer A. Presence of SARS-Coronavirus-2 in sewage [preprint posted March 30, 2020]. medRxiv. doi:10.1101/2020.03.29.20045880
  3. Data on file at IDEXX Laboratories, Inc. Westbrook, Maine USA.
  4. Centers for Disease Control and Prevention. Interim laboratory biosafety guidelines for handling and processing specimens associated with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/lab-biosafety-guidelines.html. Revised June 3, 2020. Accessed July 7, 2020.